장기보유특별공제, 같은 집을 10년 보유해도 공제율은 20%와 80%로 나뉩니다

장기보유특별공제는 일반 부동산에 적용하는 표1과 1세대 1주택에 적용하는 표2로 나뉩니다. 같은 집을 10년 보유해도 거주 여부에 따라 공제율이 20%와 80%로 달라져, 낼 세금이 아홉 배를 넘게 차이 납니다.

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절세·특례

발행일

2026-09-04

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셈모아 운영자 검수

장기보유특별공제는 표가 두 개이고, 어느 표를 쓰는지가 세액을 정합니다

장기보유특별공제는 부동산을 오래 보유했다가 팔 때 양도차익에서 일정 비율을 빼 주는 공제입니다. 이름 그대로 장기 보유에 대한 특별 공제라서 보유한 기간이 길수록 공제율이 올라가는데, 공제율 표가 하나가 아니라는 점이 이 제도를 이해하는 출발점입니다. 소득세법 제95조 제2항은 일반 부동산에 적용하는 표1과 1세대 1주택에 적용하는 표2를 나란히 두고 있고, 같은 집을 같은 기간 보유했더라도 어느 표를 적용받는지에 따라 공제율이 최대 30%와 최대 80%로 달라집니다.

이 공제가 세액을 크게 움직이는 이유는 계산 순서에서 앞쪽에 있기 때문입니다. 양도소득세는 판 금액에서 산 금액과 필요경비를 빼서 양도차익을 구하고, 그 양도차익에서 장기보유특별공제를 빼서 양도소득금액을 만들고, 거기서 양도소득 기본공제 250만원을 한 번 더 빼서 과세표준을 만든 뒤, 마지막에 세율을 곱합니다. 공제가 커지면 과세표준이 줄어들 뿐 아니라 적용되는 세율 구간 자체가 내려갈 수 있어서, 공제율의 차이는 세액에서 몇 배로 증폭됩니다.

그래서 이 글은 공제의 정의를 되풀이하는 대신 적용을 다룹니다. 두 표의 공제율을 한 표에서 대조하고, 표2를 적용받는 요건과 보유기간·거주기간을 세는 방법을 조문 단위로 확인한 다음, 같은 집 하나에 표1과 표2를 각각 적용한 단계별 계산으로 세액이 실제로 얼마나 달라지는지 끝까지 계산해 보겠습니다.

표1은 보유 기간만 보고, 표2는 보유와 거주를 더해서 봅니다

표1은 보유 3년부터 1년마다 2%p씩 올라 15년 이상에서 30%로 멈추는 표입니다. 표2는 보유에 대한 공제와 거주에 대한 공제를 따로 매겨서 더하는 표입니다. 보유분은 3년부터 1년마다 4%p씩 올라 10년 이상에서 40%가 되고, 거주분도 1년마다 4%p씩 올라 10년 이상에서 40%가 되므로, 보유분 공제율과 거주분 공제율을 더한 상한이 80%입니다. 조문이 두 표를 나누는 방식은 다음과 같습니다.

다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

두 표의 전 구간을 나란히 놓으면 이렇습니다. 표의 기간은 만으로 센 연수이고, 각 칸은 그 연수 이상 다음 연수 미만을 뜻합니다.

표에서 세 가지를 확인할 수 있습니다. 첫째, 공제가 시작되는 3년 시점부터 공제율이 두 배입니다. 보유 3년 시점에 표1은 6%인데 표2 보유분은 12%이고, 여기에 거주분이 더해집니다. 둘째, 상한에 도달하는 데 걸리는 기간이 다릅니다. 표1은 15년을 채워야 30%에 도달하지만, 표2는 보유와 거주가 각각 10년이면 합산 80%에 이릅니다. 셋째, 거주분에만 있는 칸이 하나 있습니다. 거주 2년 이상 3년 미만 구간의 8%인데, 조문의 괄호가 이 칸을 보유 3년 이상인 경우로 한정합니다. 보유 3년을 채우지 못하면 거주 2년을 채웠어도 이 8%를 쓸 수 없습니다.

표2의 요건은 양도일 현재 1주택, 그리고 보유기간 중 거주 2년입니다

표2를 적용받는 요건은 소득세법 시행령 제159조의4가 정합니다. 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있어야 하고, 그 주택의 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다. 보유 요건은 표 자체가 3년부터 시작하므로 사실상 보유 3년 이상과 거주 2년 이상이 함께 필요하다는 뜻이 됩니다. 여기서 중요한 것은 이 거주 2년이 조정대상지역인지 아닌지와 관계없이 언제나 요구된다는 점입니다. 표2의 1주택 여부를 언제 기준으로 판정하는지도 같은 조가 함께 정합니다. 매매계약을 맺은 뒤 그 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 바꿔 양도하면, 양도일이 아니라 그 주택의 매매계약일 현재로 1주택인지를 봅니다. 보유기간을 세는 종기가 앞당겨지는 것이 아니라, 주택 수를 세는 기준시점만 달라지는 규정입니다.

표2의 거주요건을 1세대 1주택 비과세의 거주요건과 혼동하는 일이 잦습니다. 비과세의 거주요건은 시행령 제154조 제1항이 정하는데, 취득할 당시 조정대상지역에 있던 주택에만 보유 2년에 더해 거주 2년을 요구합니다. 취득할 당시 조정대상지역이 아니었다면 거주 없이 보유 2년만으로 비과세를 받을 수 있습니다. 반면 표2의 거주 2년은 지역과 무관한 상수입니다. 그래서 한 번도 거주하지 않은 집을 팔면, 양도가액 12억원 이하 구간의 비과세는 받으면서도 12억원을 넘는 고가주택의 과세분에서는 표2가 아니라 표1을 적용받는 경우가 생깁니다. 12억원 초과분을 안분해 과세하는 구조는 1세대 1주택 비과세와 12억원 기준에서 자세히 다뤘습니다.

조문에는 실무에서 요긴한 단서가 두 개 더 있습니다. 하나는 일시적 2주택처럼 시행령 제155조 등이 1세대 1주택으로 보아 주는 주택도 표2의 1주택에 포함된다는 것입니다. 갈아타는 중이라 잠시 두 채가 된 상태라도 처분기한을 지키면 표2를 쓸 수 있다는 뜻이고, 그 기한은 일시적 2주택 처분기한에 정리해 두었습니다. 다른 하나는 공동상속주택의 거주기간인데, 그 주택에 거주한 공동상속인 가운데 거주기간이 가장 긴 사람의 기간으로 판단합니다.

보유기간은 취득일부터 양도일까지, 거주기간은 전입일부터 전출일까지 셉니다

공제율 표를 읽으려면 기간을 세는 출발점부터 확정해야 합니다. 보유기간의 기산은 소득세법 제95조 제4항이 정합니다.

제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.

그러면 취득일과 양도일이 언제인지가 다음 질문이 됩니다. 원칙은 대금을 청산한 날, 곧 잔금일입니다(소득세법 제98조). 다만 잔금을 치른 날이 분명하지 않으면 등기부에 적힌 등기접수일을 쓰고, 잔금을 치르기 전에 소유권이전등기를 했다면 그때도 등기접수일을 씁니다(시행령 제162조 제1항 제1호·제2호). 계약일이 아니라는 점에 주의해야 합니다. 계약일부터 세면 보유기간이 실제보다 길게 계산되어 공제율을 한 칸 높게 잡는 실수가 생깁니다. 두 날짜는 인터넷등기소에서 등기부등본을 떼어 접수일로 확인하는 것이 정확합니다.

제95조 제4항에는 기산일이 달라지는 단서도 있습니다. 배우자나 직계존비속에게 증여받은 자산을 이월과세로 계산하는 경우에는 증여한 사람이 그 자산을 취득한 날부터 기산하고, 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산은 피상속인이 취득한 날부터 기산합니다. 셈모아 양도소득세 계산기는 이런 특례 기산을 반영하지 않고 넣어 주신 취득일을 그대로 쓰므로, 증여받은 지 10년이 안 된 집이라면 계산 결과를 그대로 쓸 수 없습니다.

거주기간은 따로 셉니다. 주민등록표에 따른 전입일부터 전출일까지가 기준이고(시행령 제154조 제6항), 중간에 다른 곳으로 전출했다가 돌아왔다면 나가 있던 기간은 빠집니다. 기억이 아니라 기록으로 확인해야 하는 값이라, 주민센터나 정부24에서 주민등록초본을 떼어 전입일과 전출일을 맞춰 보는 편이 안전합니다.

두 표 모두 칸이 1년 단위이므로 잔금일 하루가 공제율을 바꿉니다. 뒤의 예시처럼 과세 대상 양도차익이 2억원이라면 표2의 한 칸인 4%p는 공제액 800만원에 해당합니다. 셈모아 계산기는 취득일과 양도 예정일을 넣으면 보유기간을 계산하고, 며칠만 더 보유하면 공제율이 한 칸 올라가는 경계에 있으면 그 날짜를 결과 주의사항에 함께 알려 줍니다.

미등기 양도와 조정대상지역 다주택 중과는 공제가 통째로 배제됩니다

공제율이 낮아지는 정도가 아니라 0이 되는 경우가 있습니다. 소득세법 제95조 제2항의 괄호가 공제 대상에서 아예 제외하는 자산이 있기 때문인데, 미등기양도자산과 조정대상지역 다주택 중과 대상 자산이 그것입니다. 분양권도 공제를 받지 못합니다.

미등기 양도는 취득에 관한 등기를 하지 않은 채 자산을 넘기는 것을 말합니다(소득세법 제104조 제3항). 이 경우 장기보유특별공제가 배제될 뿐 아니라, 세율도 기본세율이 아니라 양도소득 과세표준의 70%라는 단일세율이 적용됩니다(같은 조 제1항 제10호). 아무리 오래 보유했어도 등기를 거치지 않으면 이 글에서 다루는 공제 이야기가 전부 무의미해지는 셈입니다.

조정대상지역에 있는 주택을 1세대 2주택 이상인 세대가 팔면 중과 대상이 됩니다(소득세법 제104조 제7항). 기본세율에 2주택은 20%p, 3주택 이상은 30%p가 더해지고, 그와 동시에 장기보유특별공제가 배제됩니다. 세율이 올라가는 일과 공제가 사라지는 일이 한꺼번에 일어나서 세액 차이가 특히 큽니다. 이 중과는 보유기간이 2년 이상인 주택을 2026년 5월 9일까지 양도한 경우에 한해 한시적으로 배제되었다가, 5월 10일 양도분부터 다시 적용되고 있습니다(시행령 제167조의3 제1항 제12호의2 가목·제167조의10 제1항 제12호의2 가목). 다만 2026년 5월 9일까지 매매계약 계약금을 받았거나 토지거래허가를 신청한 주택은 5월 10일 이후에 양도하더라도 계약일부터 4개월(일부 지역은 6개월) 안에 넘기면 배제가 이어집니다(같은 호 나목·다목). 셈모아 계산기는 계약일과 허가신청일을 입력받지 않아 이 경과 규정을 판정하지 않으므로, 여기에 해당한다면 실제 세액이 계산 결과보다 낮습니다. 재개된 중과의 구조는 다주택 중과 재개에서, 2026년 세제개편이 양도소득세에 주는 영향은 2026 세제개편과 양도소득세에서 각각 다뤘습니다.

분양권은 제95조 제2항이 공제 대상으로 정한 자산에 들지 않습니다. 조합원입주권은 제한된 범위에서 공제 대상이 되지만, 분양권은 보유기간이 아무리 길어도 이 공제가 적용되지 않습니다.

같은 집을 표1과 표2로 계산하면 세액이 아홉 배 넘게 달라집니다

여기부터는 규칙 데이터의 수치로 직접 계산한 예시입니다. 2016년 6월에 8억원에 산 집을 2026년 9월에 16억원에 파는 1세대 1주택을 놓고, 거주기간만 다르게 두겠습니다. 보유기간은 10년 이상 11년 미만입니다. 취득할 당시 조정대상지역이 아니었고, 단독명의이며, 같은 해에 판 다른 부동산이 없고, 필요경비는 0원으로 가정합니다. 취득할 당시 조정대상지역이 아니었으므로 거주 여부와 관계없이 비과세와 고가주택 안분은 두 경우 모두 같게 적용되고, 달라지는 것은 오직 장기보유특별공제 표입니다.

양도가액이 12억원을 넘는 고가주택이므로 12억원 초과분만 안분해 과세합니다. 과세 대상 양도차익은 양도차익 × (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액이고, 장기보유특별공제액도 같은 비율로 안분됩니다(시행령 제160조). 안분이 곱셈이라 순서를 바꿔도 값이 같으므로, 아래 표는 과세 대상 양도차익에 공제율을 곱하는 방식으로 적었습니다.

먼저 취득한 날부터 계속 그 집에 산 경우입니다. 보유 10년 이상과 거주 10년 이상이어서 표2의 보유분 공제율과 거주분 공제율이 모두 상한인 40%에 도달해 합산 공제율이 80%입니다.

다음은 같은 집을 한 번도 거주하지 않고 전세만 놓았던 경우입니다. 거주 2년을 채우지 못해 표2 요건에서 벗어나므로 표1이 적용되고, 보유 10년의 공제율은 20%입니다.

두 계산의 차이를 짚어 보겠습니다. 공제액 차이는 1억 6,000만원과 4,000만원으로 1억 2,000만원입니다. 그 차이가 과세표준으로 그대로 이어지는데, 과세표준이 3,750만원에서 1억 5,750만원으로 커지면서 적용 세율 구간까지 15%에서 38%로 올라갑니다. 공제가 줄어든 만큼만 세금이 늘어나는 것이 아니라, 늘어난 과세표준에 더 높은 세율이 곱해져서 차이가 증폭되는 것입니다. 그 결과 지방소득세까지 더한 세액은 480만 1,500원과 4,390만 1,000원으로, 차이가 3,909만 9,500원이고 배율로는 아홉 배를 넘습니다. 같은 집을 같은 값에 파는데 이만큼 달라지게 만든 변수는 그 집에 살았는지 하나뿐입니다.

거주기간이 그 사이 어딘가라면 결과도 그 사이에 놓입니다. 예를 들어 거주 2년이면 거주분 8%가 더해져 공제율이 48%, 거주 5년이면 20%가 더해져 60%가 됩니다. 계산기의 '계산 옵션'에서 '그 집에 살았음'을 켜고 '그 집에 산 기간'을 바꿔 넣으면, 거주 1년이 세액으로 얼마짜리인지 직접 확인할 수 있습니다.

양도 전에 확인할 것

• 확인 필요: 등기부등본의 접수일로 취득일을 확인 (계약일이 아니라 잔금일 또는 등기접수일)
• 확인 필요: 주민등록초본의 전입일·전출일로 거주기간을 확인
• 확인 필요: 양도일 현재 세대가 가진 주택 수를 확인 (표2와 중과 판정의 출발점)
• 확인 필요: 취득할 당시 조정대상지역이었는지 확인 (비과세 거주요건)
• 확인 필요: 보유·거주 연수가 다음 칸까지 며칠 남았는지 확인하고 잔금일 조정을 검토
• 확인 필요: 조정대상지역 다주택이라면 중과 적용과 공제 배제 여부를 확인
• 확인 필요: 증여받은 지 10년이 안 된 집이라면 이월과세와 기산일 특례를 전문가에게 확인
• 확인 필요: 취득세·중개보수·자본적 지출의 증빙을 정리 (필요경비)

자주 묻는 것

공제율 표는 외울 필요가 없습니다. 취득일과 양도 예정일, 거주기간을 넣으면 계산기가 어느 표를 적용했는지와 공제액, 그리고 공제 뒤의 세액까지 계산 과정에 줄 단위로 보여줍니다. 양도일이 정해졌다면 예정신고 기한도 함께 확인해 두시기 바랍니다. 신고 기한과 절차는 양도소득세 신고 기한에 정리해 두었습니다.